Dr. Martin Gencik, FA für Medizinische Genetik
Brünnlbadgasse 15, 1090 Wien
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e-mail: mikrobiom@medgene.at, Web: mikrobiom.medgene.at
GUTACHTEN HARN MIKROBIOM
Indikation
Harn Bakterienprofil zur Differenzierung Eubiose/Dysbiose
Diagnose
In der analysierten Harnprobe wurden unter den sechs häufigsten Bakterienarten drei potenziell pathogene Spezies identifiziert: Ralstonia pickettii (ca. 32%), Herbaspirillum huttiense (ca. 31%) und Escherichia coli (ca. 6%). Diese Zusammensetzung deutet mit hoher Wahrscheinlichkeit auf eine Harndysbiose hin. Insbesondere Escherichia coli ist bekannt als eine der Hauptursachen für Infektionen des weiblichen Harntrakts (1–3).
Ergebnisse

Am Häufigsten Detektierte Bakterienarten

Ralstonia pickettii: 32.25%
Potentiell Pathogen
Ralstonia pickettii ist primär ein Umweltbakterium, das jedoch auch mit menschlichen Infektionen assoziiert wird. Insbesondere bei immungeschwächten Personen und Mukoviszidose-Patienten kann es verschiedene Infektionen, einschließlich Atemwegsinfektionen, hervorrufen. Das Bakterium wurde aus unterschiedlichen klinischen Proben isoliert, darunter Blut, Urin, Wundinfektionen und Zerebrospinalflüssigkeit.
Herbaspirillum huttiense: 30.66%
Potentiell Pathogen
Herbaspirillum huttiense ist ein Umweltproteobakterium, das nur selten mit menschlichen Infektionen in Verbindung gebracht wird. Dennoch wurde es in Einzelfällen, beispielsweise bei Bakteriämie, nachgewiesen. Infektionen durch dieses Bakterium können durch Kontakt mit Umweltquellen wie Teichreinigungen oder Gartenarbeit begünstigt werden.
Corynebacterium kroppenstedtii: 11.14%
Seltenes Bakterium
Die Bedeutung von Corynebacterium kroppenstedtii im Harn ist nicht genau definiert. Es wird nicht als häufiger Krankheitserreger angesehen.
Cutibacterium acnes: 5.78%
Seltenes Bakterium
Die Bedeutung von Cutibacterium acnes im Harn ist nicht genau definiert. Dieses Bakterium der normalen Hautbesiedelung wird nicht als häufiges Pathogen angesehen.
Escherichia coli: 5.57%
Potentiell Pathogen
Dieses Bakterium ist eine der häufigsten Ursachen für Harnwegsinfektionen (UTIs).
Staphylococcus epidermidis: 5.57%
Seltenes Bakterium
Die Bedeutung von Staphylococcus_epidermidis ist nicht genau definiert. Er wird nicht als häufiger Krankheitserreger angesehen.

'Prozentualer Anteil der häufigsten Arten in der Probe im Vergleich zur Referenzpopulation (weiße Linie = 50. Perzentil). Der schwarze Balken/Pfeil zeigt den Wert für diese Probe an. 75 % der Population fallen in den grünen Bereich. Eine Minderheit der Referenzproben hat Werte im gelben/orangen Bereich. Beachten Sie, dass bei potenziellen Krankheitserregern Werte, die höher als die Mehrheit der Population im orangefarbenen Bereich liegen, auf eine Überrepräsentation des Erregers hindeuten, während Werte, die niedriger als die Mehrheit der Population sind, auf eine Unterrepräsentation des Erregers hindeuten und vergleichsweise besser sind als die meisten Proben..'
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Bakterienarten Balkendiagramm
Farbige Balken stellen die relative Verteilung der Bakterienarten dar.
Balkendigramm Arten

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Spezies Referenz Diagramm - Gesamtmikrobiom
Sunburst Diagramm - Die Farbscheiben stellen die relative Darstellung der bakteriellen Taxa dar. Der mittlere Ring ist die niedrigste Auflösung (Bereich/Königreich), gefolgt von Stamm, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung, Art, der letzte äußere Ring ist die individuelle Amplikonsequenzvariante (ASV) der DNA-Sequenzen für die Arten. Beachten Sie, dass Stämme in der Regel mehrere ASVs haben. Die letzte Zahl im ASV-Ring ist die prozentuale Identität (PID) mit der genannten Art. Neuartige Stämme haben in der Regel eine niedrigere PID als bekannte Stämme. Eng verwandte Stämme haben eine PID von mehr als 98 %.
Arten Sunburst Diagramm

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Arten Tabelle - Gesamtmikrobiom
Liste aller Arten in der Harnprobe und ihr relativer Anteil
Arten Tabelle
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General Report Information

Interpretation
Die bakterielle Zusammensetzung des analysierten Harnmikrobioms, bestehend aus typischen Umwelt-, Haut- und Darmbakterien, zeigt einige ungewöhnliche Merkmale, die auf eine mögliche Dysbiose oder Infektion hindeuten könnten.

1.Ralstonia pickettii (32,25%): Dieses Umweltbakterium, das häufig in Wasserquellen vorkommt, kann bei immungeschwächten Patienten opportunistische Infektionen verursachen. Das Vorkommen in solch hoher Konzentration im Urin ist ungewöhnlich und könnte sowohl auf eine Kontamination als auch auf eine mögliche Infektion hindeuten, insbesondere bei Vorliegen klinischer Symptome.

2.Herbaspirillum huttiense (30,66%): Dieses Umweltbakterium kommt typischerweise in Boden und Wasser vor und wird selten mit Harnwegsinfektionen assoziiert. Bei Personen mit geschwächtem Immunsystem könnte es jedoch opportunistische Infektionen auslösen.

3.Corynebacterium kroppenstedtii (11,14%): Diese Bakterienart ist Teil der normalen Hautflora, wurde jedoch auch mit Infektionen, insbesondere Brustinfektionen, in Zusammenhang gebracht. Ihr Nachweis im Harntrakt könnte auf eine Hautkontamination oder eine potenzielle Infektion hindeuten.

4.Cutibacterium acnes (5,78%): Diese Bakterienart ist normalerweise auf der Haut anzutreffen und wird selten mit Harnwegsinfektionen in Verbindung gebracht. Ihr Nachweis im Urin könnte auf eine Hautkontamination während der Probenentnahme hinweisen.

5.Escherichia coli (5,57%): E. coli ist der häufigste Auslöser von Harnwegsinfektionen. Obwohl der Anteil in diesem Fall relativ gering ist, könnte sein Nachweis auf eine beginnende Infektion hinweisen, insbesondere bei Symptomen wie Brennen oder Schmerzen beim Wasserlassen.

6.Staphylococcus epidermidis (5,57%): Diese Bakterienart ist ein Bestandteil der normalen Hautflora, kann jedoch als opportunistischer Erreger in den Harnwegen auftreten, insbesondere bei Personen mit Kathetern oder geschwächtem Immunsystem.

7.Streptococcus mitis (1,45%): Dieser Streptococcus gehört normalerweise zur oralen Mikroflora und wird nur selten mit Harnwegsinfektionen assoziiert. Sein Nachweis im Urin könnte auf eine Kontamination hinweisen.

8.Clostridium disporicum (0,43%): Dieses Bakterium wird selten mit Harnwegsinfektionen in Verbindung gebracht und ist normalerweise im Darm angesiedelt. Sein Nachweis im Urin könnte auf eine Kontamination durch Darmbakterien hinweisen.

Gesamtbewertung: Die hohe Prävalenz von Umweltbakterien wie Ralstonia pickettii und Herbaspirillum huttiense zusammen mit opportunistischen Erregern wie Corynebacterium kroppenstedtii und Staphylococcus epidermidis könnte auf eine Kontamination der Probe hindeuten. Allerdings könnten diese Bakterien auch bei immungeschwächten Personen Infektionen auslösen. Der Nachweis von Escherichia coli weist möglicherweise auf eine beginnende oder milde Harnwegsinfektion hin, auch wenn der Anteil relativ gering ist. Die abschließende Beurteilung einer Dysbiose oder Infektion hängt jedoch maßgeblich von den klinischen Symptomen (z. B. Brennen beim Wasserlassen, Schmerzen oder Fieber) sowie von weiteren Laborparametern (wie Leukozyten im Urin) ab. Eine umfassende klinische Untersuchung ist erforderlich, um zu klären, ob eine Behandlung notwendig ist.
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Personalisierte Unterstützende Therapien
Das analysierte Harnmikrobiom weist potenzielle Ungleichgewichte auf, darunter opportunistische Erreger wie Ralstonia pickettii, Herbaspirillum huttiense und Corynebacterium kroppenstedtii. In solchen Fällen könnte der Einsatz probiotischer Stämme eine vielversprechende Strategie sein, um ein gesundes mikrobielles Gleichgewicht wiederherzustellen. Die Wirkung ausgewählter Probiotika ist durch zahlreiche Studien gut dokumentiert:
1. Lactobacillus rhamnosus GR-1 und Lactobacillus reuteri RC-14: Diese beiden Stämme sind umfassend untersucht und werden häufig zur Förderung der urogenitalen Gesundheit empfohlen. Sie zeigen eine Fähigkeit, das Wachstum opportunistischer Pathogene wie Escherichia coli zu hemmen und ein gesundes mikrobielles Gleichgewicht im Harn- und Genitaltrakt zu unterstützen. Studien belegen, dass sie das Risiko von Harnwegsinfektionen (HWI) durch die Stärkung der epithelialen Barrierefunktion und die Modulation des Immunsystems verringern können.

2. Lactobacillus crispatus: Dieser Stamm ist ein zentraler Bestandteil der gesunden vaginalen und urogenitalen Mikroflora und wird mit einer reduzierten Prävalenz urogenitaler Infektionen assoziiert. Durch die Senkung des pH-Werts und die Hemmung des Wachstums potenziell pathogener Bakterien trägt Lactobacillus crispatus wesentlich zur mikrobiellen Homöostase bei.

3. Lactobacillus plantarum ist bekannt für seine antimikrobiellen Eigenschaften und seine Fähigkeit, das Wachstum uropathogener Bakterien wie Staphylococcus epidermidis und Escherichia coli zu unterdrücken. Darüber hinaus zeigt dieser Stamm entzündungshemmende Effekte, die bei mikrobiellen Dysbalancen vorteilhaft sein können.

4. Bifidobacterium bifidum spielt eine wichtige Rolle bei der Regulation der Darm-Harn-Achse, da viele Mikroorganismen im Harntrakt ursprünglich aus dem Darm stammen können. Dieser probiotische Stamm unterstützt das Immunsystem und trägt zur Stabilisierung der Mikroflora bei (Chen et al., 2021).

Eine Kombination der Stämme Lactobacillus rhamnosus GR-1, Lactobacillus reuteri RC-14, Lactobacillus crispatus und Bifidobacterium bifidum könnte besonders vorteilhaft für die Regulierung der urogenitalen Mikroflora sein. Die Auswahl des geeigneten Probiotikums sollte jedoch auf individuellen klinischen Symptomen basieren und in Absprache mit einem Arzt erfolgen.
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Material
ZymoResearch Urine Conditioning Buffer D3061-1, DNA/RNA Shield R1100
Localization: Harn
Description: Harn Bakterienprofil

Methoden

Die Urinprobe wurde gemäß den Anweisungen entnommen. Die Proben wurden für den Transport ins Labor mit Urin-Konditionierungspuffer (ZymoResearch) stabilisiert. Die DNA-Isolierung erfolgte mit ZymoBIOMICS DNA Miniprep, Kat: D4300. DNA-Barcoding und Bibliotheksvorbereitung wurden mit dem Intus Biosciences StrainID Kit (Intus Biosciences) und dem LSK-114 Kit (Oxford Nanopore) durchgeführt. Die 2,5 kb Basenpaar-PCR-Produkte wurden mit einem MinION MK1C auf einer Fließzelle 10.4.1 (Oxford Nanopore) sequenziert und mit der Titan Bioinformatics Pipeline (Intus Biosciences) analysiert.

Literatur

Grundlegende Literatur
Zur Erstellung des Berichts und der Schlussfolgerungen verwendete Literatur.

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Hinweis: Wir möchten darauf hinweisen, dass die Ergebnisse molekulargenetischer Tests immer im klinischen Kontext betrachtet und interpretiert werden sollten.


Dr.med. Martin Gencik Dr. phil. Alfred Schöller Vivien Horvath MSc.


Facharzt für Medizinische Genetik Biologe Ernährungswissenschaftlerin