Saliva Template Microbiome Report

POSUDOK DENTÁLNEHO MIKROBIÓMU

Indikácia

Bakteriálny profil pred implantáciou na zubnom mieste dolnej čeľuste 47

Diagnóza

V skúmanej vzorke neboli zistené žiadne relevantné vzory potenciálne parodontopatogénnych baktérií. Podiel Fusobacterium nucleatum (3,76%) je hraničný a mal by byť po implantácii znovu otestovaný.

Výsledky

Základné parametre mikrobiómu

Merané hodnoty vlastností celkového mikrobiómu.

Odolnosť mikrobiómu (Shannonova diverzita): priemerný

Resiliencia = 8.77

Resiliencia je nižšia ako 75 % porovnávacieho materiálu.

Shannonova diverzita v porovnaní s referenčnou populáciou (biela čiara = 50. percentil). Čierny stĺpec/šípka ukazuje hodnotu pre túto vzorku. 75 % zdravých vzoriek spadá do zelenej oblasti. Menšina referenčných vzoriek má hodnoty v žltej/červenej oblasti. Shannonova alfa-diverzita je štatistická, kvantitatívna hodnota, ktorá kombinuje počet zistených bakteriálnych sekvencií (bohatstvo) a rovnomernosť ich rozloženia. Vyššia hodnota naznačuje viac dobre zastúpených baktérií, čo je vo všeobecnosti spojené so zdravým mikrobiómom. Všetky merania pre jednu vzorku sú porovnávané s celkovou populáciou.

Druhové bohatstvo mikrobiómu: dobré

Bohatstvo druhov = 69.0

Bohatstvo druhov bolo v rozsahu 75 % populácie vzoriek.

Počet druhov v porovnaní s referenčnou populáciou (biela čiara = 50. percentil). Čierny stĺpec/šípka ukazuje hodnotu pre túto vzorku. 75 % zdravých vzoriek spadá do zelenej oblasti. Menšina referenčných vzoriek má hodnoty v žltej/červenej oblasti. Zdravšie komenzálne druhy sú spojené s robustnejšou mikrobiálnou populáciou. Merania jednotlivých vzoriek sa porovnávajú s celkovou populáciou.

V skúmanom mikrobiome sú 2 základné mikrobiomové parametre (mikrobiomová reziliencia, mikrobiomová rovnomernosť druhov) mimo rozsahu 75 % populácie. Boli zistené 2 potenciálne patogény medzi 6 najdôležitejšími baktériami. Dominantný druh je Streptococcus gwangjuense (54 %), ktorý je spojený s perikoronitídou.

1. Všeobecné zubné terapeutické prístupy:
Profesionálne čistenie zubov (PZR): Odstraňuje subgingiválny povlak a zubný kameň, aby sa znížil počet baktérií, najmä Fusobacterium nucleatum a ďalších biofilmotvorných baktérií. Scaling a root planing (SRP): Hĺbkové čistenie koreňových povrchov zubov na odstránenie patogénnych bakteriálnych kolónií.

2. Antibiotická terapia
Lokálne antibiotiká: Aplikácia chlorhexidínového gélu alebo antibakteriálnych ústnych výplachov do zubného vrecka na boj proti anaeróbnym baktériám, ako je Fusobacterium nucleatum. Systémové antibiotiká: V závažných prípadoch, najmä ak sú zapojené druhy Fusobacterium nucleatum alebo iné silne zápalové druhy, môže byť predpísaný amoxicilín v kombinácii s metronidazolom alebo doxycyklínom.

3. Špecifické prístupy k manažmentu baktérií
Streptococcus gwangjuense (53,93 %): Takto vysoká relatívna frekvencia Streptococcus gwangjuense naznačuje možnú dysbiózu. Chýbajú však konkrétne vedecké štúdie, ktoré by komplexne popisovali úlohu tejto baktérie v ústnej flóre. Mikrobiálna nerovnováha s dominanciou jedného druhu môže zvýšiť riziko ústnych ochorení. Terapia by mala byť zameraná na podporu diverzity ústnej flóry. To možno dosiahnuť pravidelným používaním probiotických zubných pást obsahujúcich Lactobacillus a Bifidobacterium. Doplnkovo je potrebné dôkladné mechanické čistenie zubov a jazyka, aby sa obmedzil nadmerný rast tejto baktérie.

Neisseria sicca (8,01 %): Neisseria sicca je oportunistická baktéria, ktorá môže za dysbiotických podmienok vyvinúť patogénne vlastnosti. Často sa spája s miernymi zápalovými procesmi v ústnej dutine. Na liečbu by sa mali používať antibakteriálne ústne výplachy s látkami, ako je chlorhexidín alebo cetylpyridíniumchlorid, na zníženie bakteriálnej záťaže.

Fusobacterium nucleatum (3,76 %): Fusobacterium nucleatum je kľúčový organizmus, ktorý zohráva významnú úlohu pri parodontitíde. Podieľa sa na tvorbe biofilmov a je známy svojou účasťou na zápalových procesoch. Na terapiu môžu byť použité systémové antibiotiká, ako je metronidazol, na zníženie bakteriálnej záťaže. Doplnková laserová terapia môže cielene redukovať anaeróbne baktérie a udržateľne zmierniť zápal.

Pseudoprevotella muciniphila (1,01 %): Úloha Pseudoprevotella muciniphila v ústnej dutine je zatiaľ málo preskúmaná. Existujú však dôkazy, že môže byť spojená so zápalovými procesmi. Na podporu zdravého ústneho mikrobiomu je dôležité podporiť probiotické baktérie, ktoré môžu potlačiť potenciálne patogénne druhy, ako je Pseudoprevotella muciniphila. To možno dosiahnuť použitím probiotických zubných výrobkov a vyváženej ústnej hygieny.

4. Probiotiká a obnovenie ústneho mikrobiomu
Probiotické baktérie, ako sú Lactobacillus reuteri a Bifidobacterium, významne prispievajú k obnove zdravého ústneho mikrobiomu. Štúdie ukazujú, že inhibujú kolonizáciu patogénnych baktérií a zároveň podporujú rast prospešných baktérií. To môže byť užitočné najmä pre osoby s dysbiózou v ústnom mikrobiome. Ako doplnok môže byť použitá prebiotická zubná pasta, aby cielene podporovala rast prospešných baktérií a dlhodobo zlepšovala ústne zdravie.

5. Výživa a životný štýl
Zníženie príjmu cukru: Výrazné zníženie príjmu cukru brzdí rast kariogénnych baktérií, ako sú Streptococcus sanguinis a Streptococcus oralis. Cukor slúži týmto baktériám ako substrát na tvorbu kyselín, čo podporuje vznik zubného kazu. Zvýšenie príjmu vlákniny: Vláknina podporuje nielen gastrointestinálne zdravie, ale prispieva aj k stabilnému a zdravému ústnemu mikrobiomu. Jej prebiotické účinky podporujú rast prospešných baktérií nielen v ústach, ale aj v čreve.

6. Špecifické metódy pre ústnu hygienu
Zubná pasta s fluoridom a antibakteriálnymi prísadami: Zubná pasta obsahujúca fluorid a antimikrobiálne zložky, ako je fluorid cínatý, preukázala účinné zníženie patogénnych baktérií, vrátane Streptococcus sanguinis a iných streptokokov.
Antimikrobiálne výplachy: Výplachy s antimikrobiálnymi látkami, ako sú éterické oleje alebo fluorid cínatý, sa ukázali ako účinné pri redukcii bakteriálnej záťaže v ústnej dutine a zmiernení zápalu.

Zhrnutie
Cieľom je obnovenie mikrobiálnej rovnováhy v ústnej dutine kontrolou zápalových baktérií, ako je Fusobacterium nucleatum, a podporou prospešných baktérií. Popri pravidelnej zubnej starostlivosti sú nevyhnutné cielené opatrenia, ako použitie probiotických prípravkov, kontrola stravy a používanie antimikrobiálnych zubných produktov.

OMNIGENE Oral OMR-110
Lokalizácia: Zubná kapsa
Popis: Vzorka zubného mikrobiómu

Vzorka výteru bola stabilizovaná tekutinou DNA/RNA Shield na prepravu do laboratória. Izolácia DNA sa vykonala pomocou ZymoBIOMICS DNA Miniprep, Cat: D4300. Čiarový kód DNA a príprava knižnice sa vykonali pomocou súpravy Intus Biosciences StrainID (Intus Biosciences) a súpravy LSK-114 (Oxford Nanopore). Produkty PCR s veľkosťou 2,5 kb párov báz boli sekvenované pomocou MinION MK1C na prietokovej bunke 10.4.1 (Oxford Nanopore) a analyzované pomocou Titan Bioinformatics Pipeline (Intus Biosciences).

Literatúra použitá na vypracovanie správy a záverov.

1. Morrison, A. G., Sarkar, S., Umar, S., Lee, S. T. M. & Thomas, S. M. The Contribution of the Human Oral Microbiome to Oral Disease: A Review. Microorganisms 11, 1–17 (2023).
2. Zhang, X. et al. The oral and gut microbiomes are perturbed in rheumatoid arthritis and partly normalized after treatment. Nat. Med. 21, 895–905 (2015).
3. Dhotre, S. et al. Assessment of periodontitis and its role in viridans streptococcal bacteremia and infective endocarditis. Indian Heart J. 70, 225–232 (2018).
4. Maki, K. A. et al. The role of the oral microbiome in smoking-related cardiovascular risk: a review of the literature exploring mechanisms and pathways. J. Transl. Med. 20, 1–26 (2022).
5. Pathak, J. L., Yan, Y., Zhang, Q., Wang, L. & Ge, L. The role of oral microbiome in respiratory health and diseases. Respir. Med. 185, 106475 (2021).
6. Imai, J., Kitamoto, S. & Kamada, N. The pathogenic oral–gut–liver axis: new understandings and clinical implications. Expert Rev. Clin. Immunol. 17, 727–736 (2021).
7. Ahn, J., Chen, C. Y. & Hayes, R. B. Oral microbiome and oral and gastrointestinal cancer risk. Cancer Causes Control 23, 399–404 (2012).
8. Teles, F. R. F., Alawi, F., Castilho, R. M. & Wang, Y. Association or Causation? Exploring the Oral Microbiome and Cancer Links. J. Dent. Res. 99, 1411–1424 (2020).
9. Park et al. 2019, Streptococcus gwangjuense sp. nov., Isolated from human pericoronitis, Curr Microbiol 76, 799-803. https://doi.org/10.1007/s00284-019-01687-8 10. Figuero, E., et al. 2020. Effect of probiotics in periodontal diseases: A systematic review. Journal of Clinical Periodontology, 47(5), 641-661.

Poznámka: Radi by sme upozornili, že výsledky molekulárnych genetických testov by sa mali vždy posudzovať a interpretovať v klinickom kontexte.