Darmbakterien können oral zugeführte Medikamente metabolisieren, wobei sie Arzneimittel aktivieren oder deaktivieren. Ein Beispiel ist das Actinobakterium Eggerthella lenta, welche das herzstärkende Glykosid Digoxin enzymatisch abbaut und dadurch dessen langfristige Wirkung vermindern kann. Bekannt sind auch toxische Effekte durch die Bildung reaktiver Metaboliten oder durch eine Bioakkumulation der verwendeten Droge. Der Therapieerfolg wichtiger Krebsmedikamente steht in Zusammenhang mit einer gesunden Darmmikrobiota, die gezielt vor und während der Einnahme der Medikamente mit Pro-, Prä- und Synbiotika gestärkt werden kann. Die intestinale Mikrobiomanalyse mittels next generation sequencing (NGS) erlaubt eine Beurteilung, ob ein gesundes Darmmilieu (Eubiose) vorliegt und ob Keime, bekannt für ihre Wirkung auf Medikamente, in großer Anzahl vorhanden sind.
